Aún no sabemos el motivo... pero en un momento dado mysql ha dejado de atender peticiones principalmente por algún error en la zona inversa dns. Analizando mediante strace hemos podido ver que el socket realmente se abría pero el cliente se mantenía a la espera de servidor hasta el timeout del cliente.
Una de las fast-solutions que hemos aplicado es desactivar la resoulción que aplica mysql-server a la hora de establecer una conexion (muerto el perro muerta la rabia).
Para desactivar la resolución del mysql-server hay que editar el fichero /etc/my.cnf y añadir:
skip-name-resolve
reiniciamos el servicio mysql-server y ha funcionado correctamente.
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